Drevna povijest otoka pamti Odiseja i njegovu nimfu Kalipso. Uspomenu na njih čuva poznata Odisejeva špilja. Kasnije je, nakon kobnog brodoloma, spas na Mljetu našao i apostol Pavao, a posjetili su ga ili na njemu boravili i rimski car August, pjesnik Opijan, germanski vojskovođa Odoakar...
Materijalna povijest seže unatrag sve do Ilirskih plemena koja su kamenim gradinama, nazivljem i ostacima grobova ostavili svoj trag na čitavom otoku.
Svjedoci antičkih vremena ostaci su impozantnih zidina rimske palače u Polačama, dviju bazilika, termi, arsenala te podmorski ostaci brodogradilišta.
U 12. stoljeću feudalni gospodari Mljeta postaju benediktinci. Oni na otočiću u Velikom jezeru grade samostan i crkvu sv. Marije. Od 14. stoljeća Mljet je pod upravom Dubrovačke Republike i iz tog vremena datira većina od brojnih crkvica razasutih po cijelom otoku, kao i Knežev dvor, rezidencija upravitelja otoka.
Samostan na otočiću sv. Marije sve do 18. stoljeća ostaje kulturno središte u kome su opati bili i poznati dubrovački pjesnici Mavro Vetranović i Ignjat Äurđević, koji je ovako opisao mljetska jezera:
â... Stabla se spuštaju od vrhova pa sve do mora i zasjenjuju obale; voziš li se naokolo lađicom, ploviš zapravo šumom. Odasvud opkoljena voda, koju rijetko muti vjetar, odsijeva kao zrcalo, otkrivajući svakojake igre riba i mnogovrsne školjke svugdje po dnu. Kunem ti se prisno, da je ovdje ljupkost prirode sve stvorila bolje od čovječjeg umijeća.â